Иркутский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук создан Распоряжением Совета Министров СССР № 1138-р от 01.02.1949 г. и Постановлением Президиума Академии наук СССР от 24.02.1949 г. как Восточно-Сибирский филиал Академии наук СССР. С организацией в 1957 г. Сибирского отделения Академии наук СССР вошел в его состав. Создание ВСФ АН СССР положило начало формированию академического сектора науки в Иркутской области. В состав филиала входили Институт геологии, Институт энергетики и химии, Биологический сектор, Географо-экономический сектор.
С 1991 г. носит название Иркутский научный центр Сибирского отделения РАН.
Постановлением Президиума Российской академии наук № 262 от 13.12.2011 г. Учреждение Российской академии наук Иркутский научный центр Сибирского отделения РАН переименовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Иркутский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук.
Цель деятельности ИНЦ СО РАН – проведение, организация, координация фундаментальных, поисковых и прикладных исследований, в том числе направленных на решение важнейших проблем социально-экономического развития Иркутской области и Байкальского региона.
В рамках Федеральной целевой программы «Развитие водохозяйственного комплекса РФ в 2012–2020 годах» проведены исследования по обоснованию допустимого диапазона колебаний уровня озера Байкал (Иркутского водохранилища) с учетом технических возможностей регулирования социально-экономических ограничений в нижнем бьефе Иркутской ГЭС в условиях нормальной, экстремально высокой и экстремально низкой водности, по оценке воздействия на трансграничный бассейн реки Селенги в границах Российской Федерации в связи с планами строительства гидроэнергетических объектов на территории Монголии, разработаны научно-обоснованные предложения по повышению устойчивости состояния водохозяйственной системы бассейна реки Ангары.
С 2015 г. ИНЦ СО РАН реализует интеграционную программу «Фундаментальные исследования и прорывные технологии как основа опережающего развития Байкальского региона и его межрегиональных связей» по четырем направлениям: энергетика, комплексное освоение природных ресурсов и инновационные технологии извлечения и глубокой переработки полезных ископаемых в природно-климатических условиях Сибири и Крайнего Севера; инновационные материалы и технологии, в том числе оборонного назначения, органический синтез, фармацевтика и медицинская химия; динамика опасных природных процессов в Восточной Сибири и на сопредельных территориях, устойчивость экосистем и качество жизни при реализации крупных инфраструктурных проектов; научное обоснование охраны озера Байкал и социально-экономического развития Байкальской природной территории.
Основная цель программы – генерация фундаментальных знаний и разработка передовых наукоемких технологий для всех стадий производственного процесса: от поиска, добычи, глубокой переработки сырья до охраны среды обитания и повышения качества жизни населения Прибайкалья для обеспечения опережающего развития Байкальского региона.
В отделе региональных экономических и социальных проблем разработана концепция социально-экономической модернизации Байкальского региона, базирующаяся на усилении интегрированности в энергетической сфере, перерабатывающих отраслях и потребительском секторе.
В отделе медико-биологических исследований и технологий (основан в 2012 г.) успешно ведутся работы в области трансляционной медицины, направленные на сохранение и укрепление здоровья человека.
ИНЦ СО РАН осуществляет мероприятия, направленные на поддержку деятельности академических учреждений региона. С 2015 г. функционирует Координационный научный совет при губернаторе Иркутской области, проводятся региональные конкурсы РФФИ, создано Общее собрание научных работников академических учреждений Иркутской области.
Важной задачей ИНЦ СО РАН является поддержка и развитие инфраструктуры, обеспечивающей нормальное функционирование институтов, социально-бытовых объектов, жилищного комплекса Академгородка. К структурам научного обслуживания относятся центральная научная библиотека, научный архив, отдел научно-образовательной деятельности и экспертной оценки (создан в 2017 г.), включающий в себя кафедру иностранных языков и философии, кафедру педагогики, бюро академического перевода.
В 2018 г. торжественно отмечено 55-летие Академгородка, реконструированы центральная площадь микрорайона, скверы, аллеи и придомовые территории, открыт Памятный знак Иркутской академической науке.
Под постоянным контролем структурных подразделений ИНЦ СО РАН (РЭС, ТВКС, механические мастерские) находятся электрические сети и подстанции, тепловодоканализационные коммуникации Академгородка.